Zespół klasztorny został ufundowany przez Kazimierza Wielkiego w II połowie XIV wieku. Kilkukrotnie był przebudowywany lub odbudowywany (trawił go pożar, dewastowali innowiercy lub obce wojska). Mimo licznych zmian całość zabudowy utrzymana jest w stylu gotyckim.
Kasata klasztoru nastąpiła w 1817 r. Od upadku powstania listopadowego do 1928 r. znajdowało się tu więzienie. W kolejnych latach zabudowania klasztorne wykorzystywały różne instytucje. Życie religijne powróciło tu dopiero w 1991 r. Działa tu także Franciszkański Ośrodek Leczenia Uzależnień od Środków Psychoaktywnych “San Damiano”.
