Historia kościoła św. Jana Chrzciciela sięga XIV w., kiedy to pierwotna świątynia została zbudowana na miejscu pruskiego grodu. Obecny obiekt, odbudowany wielokrotnie po licznych pożarach, jest mieszanką stylów architektonicznych, z neoromańskimi i barokowymi elementami.
Świątynia była wielokrotnie niszczona przez pożary i wojny, co wymusiło jej odbudowę i rozbudowę. Na przykład, w 1505 r., biskup Łukasz Watzenrode przeznaczył materiały z rozbiórki kościoła w Lidzbarku Warmińskim na odbudowę zniszczonej w czasie wojny polsko-krzyżackiej świątyni. Kolejne pożary wymusiły dalsze rekonstrukcje.
Wnętrze kościoła kryje wiele cennych zabytków. Najstarszym elementem jest barokowa chrzcielnica z XVII w. z misą chrzcielną, na której znajduje się scena Zwiastowania. W XX w. odrestaurowano dwa neoromańskie ołtarze boczne, które przetrwały wojnę.
Jednym z najbardziej atrakcyjnych punktów kościoła jest wieża, która pełni rolę punktu widokowego. Z jej szczytu rozpościera się wspaniała panorama Biskupca i okolic. Warto wspomnieć, że wieża nie jest dostępna bezpośrednio – aby dostać się na jej szczyt, należy udać się do informacji turystycznej znajdującej się 200 metrów od kościoła, gdzie pani udostępni nam wejście. Warto rozpocząć zwiedzanie Biskupca właśnie od tego miejsca, gdyż klucze do kolejnych atrakcji- wystawy aparatów i modelarni, również są dostępne w informacji turystycznej.
