Historia tego kościoła jest interesująca. Powstał on w połowie XIV wieku z fundacji Ottona z Mstyczowa herbu Lis. Ta gotycka świątynia została przekształcona pod koniec XIX wieku miedzy innymi w związku z uszkodzeniami, które powstały na skutek uderzenia pioruna w wieżę dzwonniczą w roku 1824.
Z Czarnocinem związany jest także ród Jana Długosza, a on sam w Liber Beneficiorum nazywa siebie seniorem z Czarnocina.
