Historia kościoła św. Bartłomieja sięga co najmniej XIV w. Jego pierwsza wersja mogła powstać dzięki zakonnikom miechowitom, a obecna świątynia została wzniesiona na przełomie XVIII i XIX w. Budowla przechodziła liczne remonty i zyskała np. nową polichromię przedstawiająca m.in. wniebowstąpienie Jezusa.
Kościół posiada elementy stylu klasycystycznego z neobarokową wieżą. Ołtarz główny został wykonany w stylu rokokowo-klasycystycznym, zaś boczne ołtarze charakteryzują się elementami późnorenesansowymi, przekształconymi w XVIII i XIX w.
Historia parafii sępoleńskiej jest nierozerwalnie związana z trudnymi czasami II wojny światowej, kiedy to wielu duchownych, zostało aresztowanych lub zamordowanych. Okupacja niemiecka doprowadziła do poważnych strat, a kościół przeszedł wiele modernizacji.
