Cmentarz założono w XVIII wieku. Zachowały się tu fragmenty około 50 nagrobków. Przez pewien czas (tzn. do momentu założenia kirkutu na stołecznym Bródnie) chowano tu także warszawskich Żydów.
W trakcie II wojny światowej dochodziło tutaj do niemieckich egzekucji. Cmentarz był też wówczas dewastowany, m.in. macewy były wykorzystywane jako budulec. Od strony ul. Przytorowej można zobaczyć zbudowany w 2011 r. pomnik w formie muru, do którego przytwierdzono ponad 100 takich macew, użytych przy budowie jednej z lokalnych ulic. W 2019 r. powstał drugi, podobny mur.
