Bazylika jest sercem sanktuarium maryjnego, którego początki sięgają XIV wieku. Wszystko zaczęło się zaś ponoć od figurki Matki Bożej, którą na rosnącej tutaj lipie umieścił więzień. Dzięki składanym tu modlitwom został on ułaskawiony. W XV wieku zbudowano w tym miejscu kaplicę, która szybko stała się celem pielgrzymek.
Jednak w XVI wieku doszło do sekularyzacji państwa krzyżackiego. Kaplicę zniszczono, a figurkę zatopiono w jeziorze. Sytuacja odwróciła się w I połowie XVII wieku. Odbudowano kaplicę i przekazano ją jezuitom. Budowę obecnej świątyni, już z ich inicjatywy, rozpoczęto w 1687 r. Ruch pątniczy zamarł jednak po kasacie zakonu i rozbiorach Polski. Do Świętej Lipki jezuici wrócili dopiero w 1932 r.
Warto odwiedzić to miejsce nie tylko z powodów duchowych. Zabytkowa świątynia określana jest mianem perły baroku. Zachwyca jej architektura oraz bogate wyposażenie. W ołtarzu głównym znajduje się obraz Matki Bożej Świętolipskiej z 1640 r.
