Muzeum mieści się w średniowiecznej kamienicy, należącej niegdyś do rodziny Mikołaja Kopernika. Zaprezentowano w nim sylwetkę astronoma oraz jego dokonania. Oprócz tego możemy tutaj obejrzeć wystawy poświęcone dawnej i współczesnej nauce oraz życiu codziennemu średniowiecznej rodziny mieszczańskiej.
Uzupełnieniem tych ekspozycji są trzy filmy, zrealizowane w technice 4D, pozwalające jeszcze lepiej poznać wybitnego torunianina. Na najwyższej kondygnacji możemy zobaczyć oryginalną, średniowieczną więźbę dachową.
