Wnętrze świątyni jest udekorowane stiukowymi figurami, które zostały wykonane przez włoskich rzeźbiarzy G.P. Perti i G.M. Galli oraz freskami pochodzącymi z XVII wieku. Barokowy kościół stanowi cenny zabytek architektoniczny w Wilnie. Ambona w kształcie łodzi Piotrowej oraz oryginalny kryształowy żyrandol z 1905 roku przykuwa wzrok wiernych. W czasach sowieckich świątynia pełniła główną rolę wśród wszystkich miejsc modlitwy w Wilnie.
