Muzeum mieści się w dwóch budynkach: dawnej Słodowni (tzw. Podzamczu) oraz w dawnym gimnazjum elbląskim (pierwotnie część Podzamcza). Wspomniane budynki stanowią pozostałości po zamku krzyżackim.
W muzeum można obejrzeć eksponaty pochodzące z wykopalisk z obszaru Starego Miasta oraz dawnej osady handlowej Truso. Szczególnie interesująco prezentują się przedmioty codziennego użytku, wykonane z ceramiki, drewna, metalu, skóry, szkła oraz bursztynu. Dzięki nim udało się odtworzyć życie mieszkańców miasta z tamtych czasów, czy też odkryć powiązania handlowe Elbląga z wieloma ośrodkami ówczesnej Europy.
Na dziedzińcu możemy podziwiać zrekonstruowany dom Wikingów z Truso.