Muzeum mieści się w dawnym pałacu biskupim na Wzgórzu Katedralnym. Pałac powstał w 1350 r., a formę barokową otrzymał w trakcie rozbudowy w XVII wieku.
W środku możemy obejrzeć wystawy związane z historią Wzgórza Katedralnego oraz Fromborka. Głównym punktem jest ekspozycja pt. „Mikołaj Kopernik – życie i dzieło”.
W budynku po drugiej stronie placu znajduje się planetarium, a w centralnej jego części bazylika archikatedralna z grobowcem Mikołaja Kopernika.