Muzeum mieści się w dawnym pałacu biskupów krakowskich. Jest to jedna z najwspanialszych oraz najlepiej zachowanych rezydencji epoki Wazów. W jej zabytkowych wnętrzach, pochodzących z XVII i XVIII wieku, znajdują się unikatowe elementy wystroju architektonicznego.
Możemy tu też obejrzeć liczne wystawy: Galerię Malarstwa Polskiego i Europejskiej Sztuki Zdobniczej (m.in. dzieła Leona Wyczółkowskiego, Jacka Malczewskiego, Juliusza Kossaka, Józefa Chełmońskiego, Olgi Boznańskiej), gabinet numizmatyczny oraz Sanktuarium Marszałka Józefa Piłsudzkiego. Znajduje się ono w miejscu, w którym kiedyś były sztab i kwatera główna Legionów Polskich.
Muzeum organizuje także wystawy czasowe.
