Siedziba główna muzeum mieści się w dawnym klasztorze Benedyktynek zbudowanym w latach 1728-1731. Jest to jeden z najcenniejszych zabytków architektury barokowej na Pomorzu. Prezentowana jest tutaj ekspozycja pt. “Galeria współczesnego malarstwa pomorskiego”.
Warto odwiedzić jeszcze dwa oddziały muzeum. Pierwszy mieści się w Pałacu Opatek, dawniej będącym furtą klasztoru Benedyktynek. Znajduje się tu wystawa pt. „Centrum Wyszkolenia Kawalerii w Grudziądzu 1920-1939”.
Drugi mieści się w zabytkowych spichrzach nad Wisłą. Znajdują się tu: wystawa przedstawiająca historię miasta, ekspozycja archeologiczna oraz sale wystaw czasowych.