Muzeum ma charakter regionalny. Jego siedzibą są cztery zabytkowe kamienice (tzw. ormiańskie) z XVII wieku, znajdujące się w północnej pierzei Rynku Wielkiego.
Wystawa historyczna poświęcona jest przeszłości Zamościa. Wystawa archeologiczna pozwala poznać najdawniejsze dzieje Zamojszczyzny. Z kolei wystawa etnograficzna prezentuje jej sztukę ludową. Znajduje się tu również galeria malarstwa sakralnego i historycznego.
Jako ciekawostkę warto wspomnieć, że muzeum posiada największą w Polsce kolekcję eksponatów dotyczących kultury Gotów.