Już w 1577 r. Stefan Batory w związku z buntem Gdańska wobec Rzeczypospolitej chciał zbudować przekop Mierzei Wiślanej w okolicy miejscowości Skowronki. Pomysł jednak zarzucono po zawarciu porozumienia z niepokornym miastem.
Podobny plan miał w 1772 r. król Prus Fryderyk II Wielki. W tym czasie Elbląg należał do Prus, a Gdańsk do Polski. Pruski władca chciał w ten sposób wzmocnić pozycję Elbląga. Po drugim rozbiorze Polski, Gdańsk przeszedł pod panowanie Prus i tym samym budowa kanału stała się bezcelowa.
Kolejna propozycja przekopu Mierzei Wiślanej została sformułowana w 1945 r. przez wicepremiera Eugeniusza Kwiatkowskiego.
Jednak inwestycję zaczęto realizować dopiero teraz. Z piasku wydobytego przy okazji budowy na Zalewie Wiślanym ma zostać utworzona wyspa dla ptaków, o powierzchni 181 hektarów.