Synagoga została wzniesiona na przełomie XVI i XVII wieku w stylu późnorenesansowym. Jest jedną z najstarszych synagog w Polsce.
W sali męskiej uwagę zwraca XVII-wieczna szafa ołtarzowa. Cenne są także malowidła naścienne z XVII wieku (uznawane za najstarsze zachowane w Polsce). Piękna polichromia zdobi także sufit i ściany przedsionka. Obok wejścia do babińca znajduje się XVII-wieczna kamienna skarbonka.
Synagogą opiekuje się Muzeum Regionalne w Pińczowie. Mieści się tu wystawa judaików. Jednym z ciekawszych eksponatów są XIX-wieczne zwoje Tory. Świątynię otacza mur w którym umieszczane są stare macewy odzyskiwane z różnych budynków przy okazji rozbiórki.