Cytadela powstała w I połowie XIX wieku. Była pierwszym dziełem rosyjskiej twierdzy Dęblin. Początkowo była to twierdza bastionowa (cytadela była zarazem głównym fortem). W II połowie XIX wieku została zamieniona w twierdzę fortową (cytadelę otoczono zespołem fortów).
Twierdzę skasowano w 1909 r., by przywrócić ją przed wybuchem I wojny światowej. W czasie II wojny światowej na jej terenie (m.in. w cytadeli) działał niemiecki obóz jeniecki. Obecnie cytadelę zajmuje Wojsko Polskie.
